博士後期課程
最高の環境で、より高度な専門性を追究。
博士後期課程では、5つの研究領域（器楽、声楽、作曲、音楽学、音楽教育）を設けています。出願資格は、大学院修士課程を修了しているか、同等以上の学力がある者です。
3年制ですが、5年間の在学研究が可能で、さらに、3年間の範囲で留学等の休学が認められます。キャンパスには博士後期課程学生専用の研究室があり、コンピュータ、オーディオ機器のほか、コンサートホールや、図書館など、最高の環境で学ぶことができます。器楽および声楽の研究領域では毎年公開リサイタル形式の演奏試験を、作曲の研究領域では毎年公開の作品演奏試験が求められます。
所定の授業科目10単位以上を修得し、演奏あるいは作品の修了試験、博士論文の審査に合格した者には、博士（音楽）または博士（音楽学）の学位が授与されます。学位を取得した者は、その高度な知識と専門性を活かして、演奏、研究、教育など、さまざまな分野で自立した活動をするチャンスが開かれます。
大学院音楽研究科博士後期課程の教育研究目的
博士後期課程は、音楽芸術の分野について広い視野に立ち、その理論及び技術をさらに深く教授研究し、その深奥を究め、自立して芸術活動又は研究活動を行うに必要な能力を備えた音楽家又は音楽研究者を養成することを目的とします。
学位授与の方針（ディプロマ・ポリシー）
武蔵野音楽大学大学院音楽研究科の目的に基づき、以下のように、高度な知識および技術を身につけたと認められる者に学位を授与します。
本学大学院学則第4条第2項に基づき、3年以上在学し、10単位以上を修得した上で、演奏あるいは作品の修了試験、博士論文の審査に合格した者に博士（音楽）または博士（音楽学）の学位を授与します。
教育課程編成・実施の方針（カリキュラム・ポリシー）
武蔵野音楽大学大学院音楽研究科は、専門的かつ広い視野に立ち、音楽芸術の分野について高度な学識と技術を体系的に教授研究する目的で、以下のようにカリキュラムを編成します。
１ 博士論文については、研究領域ごとの必修科目である研究領域研究指導および研究領域論文演習で、論文作成の指導を行い提出させます。
２ 前項の論文に加え、器楽および声楽の研究領域では公開の演奏試験を、作曲の研究領域では公開の作品演奏試験を課します。
カリキュラム／音楽専攻
| 研究領域共通必修科目 | 研究領域研究指導 |
| 研究領域論文演習 | |
| 研究領域別必修科目 | 演奏法特別研究 I |
| 作品研究 | |
| 音楽学総合研究 | |
| 音楽教育総合研究 | |
| 研究領域共通選択科目 | 演奏法特別研究 II |
| 指揮法実技研究 | |
| ソルフェージュ特殊講義 | |
| 音楽理論特殊講義 | |
| 西洋音楽史特殊講義 | |
| 日本・民族音楽特殊講義 | |
| 音楽美学特殊講義 | |
| 文献演習 I・II・III | |
| 発音法特別研究I・II・III |